作为一项必不可少的管理职能，控制（企业内部控制）具有很强的目的性。许多研究控制论的专家学者认为，企业内部控制的目标主要包括以下几个方面：
（1）保护资产
保护资产通常理解为对现金、有价证券和存货等资产的保护，以防止出现舞弊性错误，如顾客偷拿，雇员盗窃或篡改记录、多拿佣金、红利或索取使用费等：为防止非故意性的错误，如偶然性少收货、多付购货款或财产损坏等。通常认为，保护资产不包括防止因鲁莽决策而造成的财产损失，例如：赔本销售产品，在不妥当的地点开设仓库或是大做收效甚微的广告。
（2）保护会计记录的可靠性
为提供可靠的财务报告，必须保证具有可靠的会计记录。可靠的会计记录是指那些可以用来编制可靠财务报表的记录，包括某些月末或年末的调整记录（如调整分录）。如果其他各方面都能做到准确无误，会计记录就可以按照设计要求提供可靠信息。
（3）及时提供可靠的财务信息
要求具有可靠的会计记录的目的之一，是及时提供可靠的财务信息。企业营销管理部门需要可靠的财务信息以便在企业的经营活动中作出正确的经营决策；股东、贷款者和其他各方，需要可靠的财务信息以便进行正确的投资、贷款和其他决策。一般来说，审计人员直接关心提供给外部使用的财务报表可靠性的控制，而对内部管理报告可靠性的控制仅仅在审计人员认为其对他们审计工作产生影响时才予以关注。
（4）盈利和尽量减少不必要的花费
在许多企业中，管理的最重要目标之一，就是与承担的风险程度相适应，达到其获利水平。内部控制通过尽量减少不必要的花费（如防止未经批准的支出，向未经批准的顾客发货等）为这一目标服务。
（5）有意识地避免风险
许多经济业务都要经历一些风险才取的盈利。内部控制目标并不是消除所有风险，而是由管理部门采取措施有意识地避免面临风险。某一项内部控制的收益必须用该项控制的成本加以对照和衡量。例如，在仓库周围建围栏是防止某种存货损失的一个控制程序，但是由于估计建围栏的成本已经超出存货损失的风险而决定免除这一控制时，管理部门是在有意识地作出决定来承担此项免除控制所带来的风险，同样，由于资产毁损所带来的损失可以用保险来最大限度地减少。因此，由于疏忽而未能保证足够的保险面而造成的损失可以认为是内部控制的不充分表现。

（6）预防或查明错误和不正常现象
严格意义上看来，预防或查明错误和不正常现象并不是一个单独的目标。它包括在上述目标之中。这里强调的目的是当外部审计人员需要查明错误和不正常的现象时，应该主要依靠良好的内部控制系统。内部控制的设计，就是根据避免减少因错误和不正常现象造成损失的风险进行的设计，同时要充分考虑控制成本的合理性。
（7）保证授予的职责得到正确履行
内部控制是管理部门实现其目标的工具之一。企业管理部门包括业务经营过程各层次，从工段长或部门经理一直到董事会。许多职责由每一级的管理人员授予下属各级去履行。设计良好的内部控制目标之一就是保证各级管理人员授予下属各级的职责能得到正确的履行。例如，如果某一层次的管理人员负有批准在一定限额内采购的职责，那么良好的内部控制系统就应该包括保证采购支出用于已经批准的采购项目或防止超过批准限额的采购。
（8）履行法律责任
西方公司法规定，董事会对股东负有某些规定的职责，包括对股东负有明确的或含蓄的保持经管责任的职责。内部控制能够帮助董事会履行这些职责，一些比较普通的要求如某些大额交易需要由董事会批准、关键管理人员的雇佣合同需要由董事会高级委员会批准、财务报表和外部审计师的意见由董事会的审计委员审阅，以及在某些情况下内部审计机构能够与董事会审计委员会保持联系等都是为这一目标服务的。